Berdirinya Fakultas Ekonomi adalah dibukanya jurusan baru berdasarkan Keputusan Menteri Urusan Veteran Rl nomor: 157/Kpts/1959 tanggal 26 Oktober 1959, di mana Akademi Pembangunan Nasional (APN) “Veteran" menambah satu jurusan lagi yaitu Jurusan Pimpinan Perusahaan dan kuliah pertama dimulai tanggal 26 November 1959. Sejak tanggal 30 Juli 1965 berdasarkan Keputusan Menteri Urusan Veteran dan Demobilisasi, Menteri Perguruan Tinggi dan llmu Pengetahuan nomor:140/Kptsl/1965, APN "Veteran" sebagai Perguruan Tinggi Kedinasan (PTK) ditingkatkan statusnya menjadi Perguruan Tinggi Pembagunan Nasional (PTPN) "Veteran" Yogyakarta dan Jurusan Pimpinan Perusahaan ditingkatkan menjadi Fakultas Ekonomi Jurusan Manajemen Perusahaan. Sejak tanggal 30 Nopember 1977 berdasarkan Keputusan Menteri Pertahanan Keamanan Rl nomor: Skep 1555/XI/1977, PTPN Yogyakarta diubah menjadi Universitas Pembangunan Nasional (UPN) 'Veteran" Yogyakarta. Pada saat itu Fakultas Ekonomi masih tetap dengan satu jurusan yaitu Jurusan Manajemen Perusahaan.
Pada tanggal 27 Pebruari 1993 berdasarkan Keputusan Menteri Pertahanan Rl nomor: Kep/01/ll/1993, Fakultas Ekonomi disamping menyelenggarakan Jurusan Manajemen juga membuka dua jurusan baru yaitu Jurusan Ilmu Ekonomi dan Jurusan Akuntansi. Kegiatan akademik kedua jurusan dimulai pada tanggal 6 September 1993 dan dijadikan hari jadi kedua jurusan tersebut.Terhitung mulai 1 April 1995, UPN 'Veteran" Yogyakarta beserta seluruh fakultas dan jurusan beralih status dari PTK menjadi Perguruan Tinggi Swasta (PTS), berdasarkan keputusan bersama Menteri Pendidikan dan Kebudayaan dan Menteri Pertahanan Keamanan tanggal 29 November 1994 nomor: 0307/0/1994 / Kep/10/Xl/1994.